Правовой основой ЕСТК не регулируется, как и где должен образоваться рынок разрешений. Предприятия, имеющие количественные обязательства, могут торговать разрешениями друг с другом. Они также могут покупать и продавать разрешения через брокеров, банки или других посредников, имеющих право заниматься торговлей.

Возможно, вскоре появятся предложения на покупку топлива вместе с сертификатами для предприятий использующих такие виды топлива, как например, нефть или уголь. В конечном итоге, должен образоваться организованный рынок (биржа разрешений). Существует также отдельная система - электронная система регистрации. Не во всех случаях в результате сделки происходит передача прав собственности. В случаях, где происходит передача права собственности на разрешение, само разрешение переводится с одного счета на другой внутри этой регистрационной системы.

В этом смысле, регистрационная система похожа на банковскую систему, которая контролирует перевод прав собственности с одного счета на другой, но которая не следит за сделками на товары и услуги, в результате которых происходит денежный обмен. Таким образом, регистрационная система это не место, где проходит торговля разрешениями. При чем форму торговли определяют сами участники рынка.

Регистрационная система - полностью электронная система, т.е. сами разрешения не существуют в напечатанном виде (на бумаге), а существуют только в виде электронного счета. Любое предприятие, имеющее количественные обязательства, а также любое лицо, заинтересованное в торговле разрешениями, должно иметь специальный счет. Эта система содержит информацию национальных систем стран-участниц ЕСТК, а также центральную систему на европейском уровне, внутри которой происходит перевод разрешений. Таким образом, регистрационная система следит за выполнением Директивы ЕС. Некоторые данные этой системы периодически опубликовываются в соответствии с принципами и правилами ООН. При этом особое внимание уделяется балансу между прозрачностью и конфиденциальностью по отношению к вопросам экологии и к экономическим вопросам.