Начиная с 01.01.2005 предприятия должны вести учет своим выбросам. Они также составляют отчет о своих годовых выбросах, который они предоставляют в конце каждого года. Этот отчет должен пройти проверку независимой организации, (подобной аудитору, подтверждающего финансовую отчетность предприятия). В это время они должны удостовериться, что в их распоряжении имеется, достаточное количество разрешений не только для этого года, но и для последующих лет (первый срок сдачи разрешений апрель 2006 года). Для предприятий, не имеющих достаточного количества разрешений, предусмотрены штрафные санкции в размере 40 Евро за тонну диоксида углерода. При этом штраф не освобождает от выполнения обязательств, и после его уплаты, предприятие должно будет сократить необходимое количество выбросов в следующем году.

В конце февраля каждого года Страны-участники должны выпустить разрешения, в соответствии с окончательным решением об их распределении. Они также занимаются управлением национального регистра, проводят сбор данных. Они также должны удостовериться в том, что каждое предприятие сдало достаточное количество разрешений. Каждая страна-участник ЕСТК составляет ежегодный отчет и предоставляет его Комиссии.

В задачи Комиссии входит управление Европейской регистрационной системой и составление годового отчета, основанного на данных, предоставленных в отчетах отдельных государств. Они внимательно следят за успехами и проводят анализ накопленного с ЕСТК опыта. В соответствии с Директивой Комиссия представляет отчет Совету и Парламенту ЕС к 30 июню 2006. Во время составления отчета Комиссия прислушивается к мнению заинтересованных лиц.

Руководящие принципы ЕСТК представлены в следующем графике: