Национальный план распределения (НПР) устанавливает общее количество выбросов, которое каждая страна-участник ЕСТК бесплатно распределяет среди своих энергоемких промышленных предприятий. Это означает, что каждое государство-член ЕС само принимает решение о том, сколько разрешений подлежит выдачи в первый период действия ЕСТК (с 2005 по 2007) и какое количество разрешений получит каждая установка, попадающая под действие ЕСТК. Идея заключается в установлении каждой страной ЕС максимально допустимого количества выбросов СО2 для промышленности и энергетики. Таким образом, образуется недостаток разрешений, что в свою очередь приводит в действие рыночные механизмы. Возникает рынок углеродных разрешений, приводящий, в конечном итоге, к  реальному сокращению выбросов СО2.
Каждая страна ЕС должна была принять и опубликовать НПР до 31 марта 2004 (новые страны ЕС  - до 1 мая 2004 года).

В задачи Комиссии  входит проверка НПР, на соответствие 11-ти критериям, перечисленным в Директиве по торговле квотами на выброс. Основным критерием является соответствие предложенного количества разрешений стратегической политике государства, направленной на выполнение обязательств по Киотскому протоколу. Это означает, что стране-члену ЕС необходимо провести предварительную проверку и удостовериться, что количество выданных разрешений позволит выполнить количественные обязательства по Киотскому протоколу.

На практике это приведет к ограничению возможностей отклонения от поставленных целей по сокращению выбросов. В случае, если какая-нибудь страна будет слишком щедра при выдаче разрешений, существует вероятность, что ее НПР не будет утвержден Комиссией по причине не соответствия с критериями по распределению квот. Тогда эта страна упустит возможность использовать ЕСТК как инструмент для выполнения количественных обязательств. Более того, если будет выдано слишком много разрешений, то из-за отсутствия недостатка в них, не возникнет рынок разрешений.

Некоторые критерии обеспечивают, чтобы не было дискриминации отдельных предприятий и промышленных секторов. Они также обеспечивают соответствие с развитием конкуренции в ЕС и с государственными программами, направленными на поддержание развития отдельных секторов национальной экономики. Другие критерии регулируют вступление новых участников, применение новых технологий, а также возможности учета усилий по сокращению выбросов, предпринятых ранее.

Комиссия может утвердить как весь план целиком, так и только лишь его отдельные части. После того, как Комиссия утверждает план, не ограничивая его никакими условиям, государство может принять окончательное решение о распределении разрешений. Если Комиссия приходит к выводу, что НПР не соответствует критериям и соглашению ЕС, то она может признать непригодным либо весь план, либо отдельные его части.