Европейские фирмы, попадающие под действие ЕСТК, могут использовать углеродные кредиты из проектов МЧР и СО для выполнения своих обязательств по сокращению выбросов в соответствии с ЕСТК.

Как видно из названия, Связующая Директива устанавливает связь между ЕСТК и гибкими механизмами Киотского протокола – проектами Совместного осуществления (СО) и Механизмом чистого развития (МЧР).

В принципе, компании, которые приобрели единицы сокращения выбросов в результате проектов МЧР и СО за пределами ЕС могут обменять их на разрешения, которые можно использовать в ЕСТК.

Правительства стран могут использовать кредиты из проектов  СО и МЧР для выполнения своих обязательств по Киотскому протоколу во время первого периода обязательств 2008-2012.

Идея механизмов МЧР и СО схожа с идеей ЕСТК. Так как изменение климата является общей, глобальной проблемой, то само место, где сокращаются выбросы, не играет важной роли, Важно чтобы реальное сокращение выбросов имело место и реализовывалось при наименьших затратах. Считается, что Связующая Директива сможет понизить затраты предприятий на выполнение их количественных обязательств.

ЕС принимает также во внимание обязательство сторон Киотского протокола о выполнении своих количественных обязательств за счет сокращения выбросов внутри ЕС. При этом механизмы Киотского протокола должны использоваться в дополнение к усилиям, направленных на сокращение выбросов на национальном уровне. Таким образом, ограничивается количество единиц сокращения выбросов из проектов СО и МЧР. Предусматривается, что максимальное количество углеродных кредитов из проектов СО и МЧР не должно превышать 6 % от общего количества, выданных в первый период обязательств 2008-2012.