El marco jurídico del esquema de comercio de emisiones no regula como y donde ocurre el comercio de los permisos. Las compañías con resoponsabilidades pueden negociar permisos mutuamente, pueden comprar o vender mediante un  broker, un banco o un intermediario del mercado de permisos.

Puede darse también el caso que a una compañía que compra un combustible fósil (carbón o gas) le serán ofrecidos permisos combinados con el combustible. Finalmente, los mercados se organizaran y podrán desarrollarse (intercambio de permisos). Existe también un sistema de registro electrónico. Este sistema de registro está separado de la actividad comercial (no todos los mercados dan lugar a intercambios en la propiedad de los permisos),  donde un mercado culmina un cambio de propiedad  habrá una transferencia de permisos entre las cuentas en el sistema de registro.

De esta manera, el sistema de registro es similar a un sistema de actividades bancarias que no pierde de vista la propiedad del dinero en las cuentas, pero no sigue las relaciones en el mercado de bienes y servicios que son la causa de que el dinero cambie de manos. El sistema de registro no es un lugar de mercadeo, la manera en que los permisos se comercian es una decisión tomada por los participantes en el mercado.
 
El sistema es puramente electrónico, así que los permisos no se imprimen en papel sino que existen en una cuenta online. Cada compañía con unas obligaciones y una persona interesada en compra-venta de de permisos necesita una cuenta. El sistema consiste en un componente nacional de cada Estado Miembro donde los permisos son tomados a nivel europeo , lo que conduce a controles automatizados de cada transferencia de permisos para asegurar que las reglas de la Directiva sean respetadas. Algunos de los datos tomados en el registro se harán públicos periódicamente, de acuerdo con las reglas de la O.N.U en esta materia. Se buscará un equilibrio entre una transperencia ambiental y una confidencionabilidad comercial.