A partir del 1 de enero del 2005, las compañías no pueden perder de vista sus emisiones y han de realizar un informe al final del año sobre sus emisiones que será comprobado por terceros (de forma similar a lo que haría un auditor con las documentos financieros de una compañía). Al mismo tiempo, tendrán que asegurarse de que están en posesión del número suficiente de permisos entregar anualmente (la primera fecha de entrega es al final de abril del 2006) para no tener que incurrir en sanciones económicas. Si una compañía incumple los requisitos sobre reducción de emisiones, se verá penalizada con sanciones que ascienden a 40 euros por cada tonelada de dióxido de carbono. El requisito que no se hubiese cumplido, deberá satisfacerse al año siguiente.

Los Estados Miembros tendrán que expedir los permisos a final de febrero de cada año de acuerdo con las asignaciones finales que se hubiesen pactado, hacer operar el registro nacional, recoger datos verificados sobre emisiones y asegurar que se entreguen el suficiente número de permisos a cada compañía.  Cada Estado Miembro tendrá que producir igualmente un informe anual para la Comisión.

La Comisión actúa en el centro europeo del sistema de registro, y prepara un informe anual en base a los informes realizados por los Estados Miembros. Este, seguirá el funcionamiento y revisará la experiencia de forma estrecha con el esquema de comercio de emisiones de la UE. De acuerdo con la Directiva, la Comisión se presenta un informe al Consejo y al Parlamento antes del 30 de junio del 2006. Para preparar este informe, la Comisión buscará la entrada de stakeholders.

En el cuadro siguiente se muestra el esquema del mercado de emisiones de la UE: