Los Planes nacionales de Asignación, PNA, determinan la cantidad total de emisiones de CO2 que los Estados Miembros concederán a las plantas industriales de uso intensivo de energía. Esto significa que cada Estado Miembro debe decidir previamente como repartir los permisos en el primer período de prueba del 2005 al 2007 y cuanto recibirá cada planta cubierta por este sistema de mercado de emisiones. La idea es que estos Estados Miembros limiten sus emisiones de CO2 en los sectores energético e industrial a través del reparto de cuotas o permisos, y de ese modo creando escasez,  el funcionamiento del mercado se podrá desarrollar más tarde y el global de emisiones se reducirá. Cada Estado Miembro tuvo que preparar y publicar un PNA antes del 31 de Marzo del 2004 (1 de Mayo para el caso de los 10 nuevos Estados Miembros).

La tarea de la Comisión es examinar los once criterios de planes de asignación que aparecen en la Directiva de Comercio de Emisiones. Los criterios más importantes dicen que la cantidad total de permisos debe estar conforme con la estrategia del Estado Miembro para que alcance sus objetivos de Kyoto. Esto significa, que cada Estado Miembro ha de asegurarse que las asignaciones que sean concedidas a sus plantas les permitan cumplir sus objetivos.

Esto, en la práctica significa que su libertad de acción está limitada. Si un Estado Miembro tuviera un exceso de permisos expedidos, además de que el plan probablemente no cumpliría con algunos criterios de asignación, también el Estado Miembro estaría perdiendo la oportunidad de usar el ETS como herramienta para cumplir sus objetivos de Kyoto. Y si fueran expedidos demasiados permisos, no habría escasez de ellos y el mercado no se desarrollaría.

Además hay criterios que intentan asegurar la no discriminación entre compañías y entre los diferentes sectores, así como el cumplimiento  de las reglas sobre competencia  y ayudas estatales de la UE. Otros criterios se centran en los planes de nuevos participantes, la implantación de esfuerzos previos y en tecnologías limpias.

La Comisión puede aceptar un plan parcialmente o en su totalidad. Si es aceptado un plan incondicionalmente, el Estado Miembro puede tomar la decisión final sobre asignación. Si la Comisión encuentra que el plan no sigue la línea de los criterios a cumplir, el Tratado de la UE puede rechazarlo parcialmente o en su totalidad