El protocolo de Kyoto considera tres "mecanismos flexibles": Mercado Internacional de Emisiones (International Emissions Trading), Aplicación Conjunta (AC) y el Mecanismo de Desarrollo Limpio (MDL). Estos permiten a los países industrializados alcanzar sus objetivos mediante el comercio de permisos de emisión entre ellos y ganando certificados de emisión realizando proyectos en el exterior. Aplicación Conjunta se refiere a proyectos en países que también tienen unos objetivos de emisiones que cumplir, y Mecanismo de Desarrollo Limpio se refiere a proyectos en países en desarrollo sin objetivos sobre emisiones.

El razonamiento tras estos tres mecanismos es que la emisión de gases de efecto invernadero es un problema global y el lugar de donde se consigan estas reducciones de emisiones no es tan importante. De este modo, las reducciones pueden generarse donde los costes sean menores, al menos en una fase inicial para combatir el cambio climático.

Se han establecido reglas detalladas y estructuras de supervisión para asegurar que no se abuse de estos mecanismos.

El Protocolo de Kyoto establece un límite total de emisiones para las mayores economías mundiales; los países del Anexo I. Estos países industrializados tienen que cumplir unos objetivos sobre emisiones.

El Protocolo permite que países que tengan unidades de emisión sobrantes (emisiones permitidas pero no "usadas") puedan venderlas a países que han superado sus objetivos de emisión.

El límite de emisión de gases de efecto invernadero establecido por el Protocolo de Kyoto es una manera de asignar un valor monetario a la atmósfera terrestre que compartimos.

Bajo el Protocolo de Kyoto, la Aplicación Conjunta (AC) y el Mecanismo de Desarrollo Limpio (MDL) permitirán a los países industrializados alcanzar parte de su reducción de emisiones asignadas llevando a cabo proyectos de reducción de emisiones en el extranjero y contabilizando las reducciones alcanzadas hacia sus propias asignaciones. Una condición para la aplicación de los créditos o asignaciones en función de las reducciones alcanzadas es que el proyecto sea real, medible y que reporte beneficios sobre el cambio climático a lo largo del tiempo.

Bajo el término Aplicación Conjunta, los países industrializados (países del Anexo I) pueden desarrollar un proyectos que reduzcan las emisiones (ej, un sistema de eficiencia energética) en su propio territorio o en otro país del Anexo I, y contabilizar las Unidades de Reducción de Emisión (Emission Reduction Units -ERUs) para alcanzar sus objetivos. 

Bajo el término Mecanismo de Desarrollo Limpio, los países del Anexo I pueden desarrollar proyectos en países en desarrollo ( países del no-Anexo I) que reduzcan sus emisiones y usar los Certificados de Reducción de Emisiones resultantes (Certified Emission Reductions -CERs) para ayudar a alcanzar sus propios objetivos de emisión. Los proyectos MDL también permiten a los países del no-Anexo I un desarrollo sostenible y contribuir al objetivo último de la Convención.